Κάθε επιχειρηματίας που εντάσσεται στο σύστημα ελέγχου υποχρεούται:
α) Να τηρεί ατομικό φάκελο για τουλάχιστον πέντε (5) χρόνια, και να τα θέτει, όποτε του ζητείται, στη διάθεση της EUROCERT και του ΕΛΓΟ- ΔΗΜΗΤΡΑ στο πλαίσιο των ελέγχων τους.
β) Να ενημερώνει γραπτά, το αργότερο εντός δέκα (10) εργάσιμων ημερών, τηn EUROCERT για κάθε τροποποίηση που αφορά στην περιγραφή της εκμετάλλευσης.
γ) Να αποδέχεται τον έλεγχο και να συνεργάζεται με τους ελεγκτές της EUROCERT, του ΕΛΓΟ-ΔΗΜΗΤΡΑ και των ελεγκτικών οργάνων της ΕΕ, παρέχοντας ελεύθερη πρόσβαση σε όλους τους χώρους και τις εγκαταστάσεις της επιχείρησης, καθώς και στα απαιτούμενα, από την ισχύουσα ενωσιακή και εθνική νομοθεσία αρχεία.
δ) Να επιτρέπει στους ελεγκτές της EUROCERT και του ΕΛΓΟ-ΔΗΜΗΤΡΑ τη λήψη δειγμάτων, με σκοπό την υποβολή τους σε ανάλυση για την ανίχνευση απαγορευμένων προϊόντων και ουσιών στη βιολογική παραγωγή και να παρέχει κάθε αναγκαία πληροφορία και βοήθεια προκειμένου να διευκολυνθούν οι έλεγχοι και να εξαχθούν ακριβή συμπεράσματα.
ε) Να συνυπογράφει την έκθεση ελέγχου, τα πρακτικά λήψης δειγμάτων και να καταγράφει τις τυχόν επιφυλάξεις του σε περίπτωση διαπίστωσης και καταγραφής μη συμμορφώσεων από τον ελεγκτή της EUROCERT ή/και του ΕΛΓΟ-ΔΗΜΗΤΡΑ, καθώς και τις τυχόν παρατηρήσεις του για τον τρόπο διεξαγωγής του ελέγχου ή/και της δειγματοληψίας.
στ) Σε περίπτωση διαπίστωσης μη συμμορφώσεων υποχρεούται να :
αα) προβαίνει σε διορθώσεις και διορθωτικές ενέργειες.
ββ) ενημερώνει άμεσα και εγγράφως τους πελάτες του και να διασφαλίζει ότι αφαιρούνται από την επισήμανση των προϊόντων και από τη διαφήμιση αυτών ενδείξεις, όροι, σήματα και λογότυποι, μέσω των οποίων γίνεται μνεία στην μέθοδο της βιολογικής παραγωγής,
γγ) αποστέλλει στον αρμόδιο ΟΕΠ το αργότερο εντός πέντε (5) εργάσιμων ημερών από τη λήψη της εντολής απόσυρσης από αυτόν των ενδείξεων περί του βιολογικού τρόπου παραγωγής, γραπτή τεκμηρίωση σχετικά με τα ληπτέα μέτρα που αφορούν στην υλοποίηση της εν λόγω διαδικασίας απόσυρσης.
ζ) Να ενημερώνει την EUROCERT για την επικείμενη εισαγωγή ή και εξαγωγή βιολογικών προϊόντων από ή σε Τρίτες χώρες, καθώς και να επιβεβαιώνει την ολοκλήρωση τους.
η) να πληροφορεί την EUROCERT για τις τυχόν κυρώσεις που του έχουν επιβληθεί από άλλους αρμόδιους ελεγκτικούς φορείς και οι οποίες αφορούν στη λειτουργία της μονάδας του.